基础研究平台主要进行新型功能性益生菌分离、鉴定、筛选与益生菌资源库建设，益生菌分子生物学研究、益生菌生产性能及益生特性的研究、益生菌和后生元功能评价研究。平台涉及益生茵分离保藏、动物实验和临床评价、科技成果实施与管理等多项工作。益生菌分离保藏采用微生物组学、基因组学、代谢组学等先进技术手段，以分离来源中国传统发酵食物、人体健康肠道等益生菌为目的，以自主知识产权为依托，开发出具有独特的功能特性、安全性和生产性能达到应用水平的菌株。动物实验和临床评价是评价益生菌和后生元安全性和有效性的重要手段，探索益生菌和后生元的功能性和作用机理，为功能性产品的开发提供相应的证据支持。科技成果实施与管理是将基础研发过程中的创新成果形成知识产权、学术论文等技术成果，并进行科技成果奖项的申报、实施和管理，赋能产业发展。